Laodikeia (Hac) Kilisesi, ızgara sistemindeki plana göre Suriye Caddesinden ayrılan ve Kuzey Tiyatrosu’na ulaşan ara sokak üzerinde kentin kuzeydoğu bölümüne konumlandırılmıştır. Bu yönüyle Kilise, Tapınak A’nın kuzeydoğu yanındadır. Kilise doğu-batı yönlü bir adayı kaplayacak şekilde planlanmış olup yapıyla bağlantılı olan güneybatı ve kuzeydoğu sokaklar üzerinde birer adet çeşme yer alır.
Hıristiyanlık tarihinde daha önce hiç görülmemiş bir plan tipine sahip olan Laodikeia Kilisesi biri doğuya beşi kuzeye ve beşi de güneye bakan toplam 11 adet apsise sahiptir. Laodikeia Kilisesi’nin en kutsal mekanını temsil eden naos (kutsal oda) içerisinde, traverten bloklarla örülmüş ve devasa yapının çatısını taşıyan ikisi syntrononun iki yanında olmak üzere 10 adet ayak, Prothesis ve Diakonikon (dini ritüel hazırlık odaları) mekanları, ambon (vaaz kürsüsü), bema (sunak masasının bulunduğu bölüm) ve doğuya bakan ana apsis içerisinde synthronon (ilahi koro ve din görevlilerinin oturduğu bölüm) yer almaktadır. Devasa ayaklar naosu sınırlandıran kuzey duvarları ve güney duvarlarında nişler arasında olmak üzere, kendi aralarında kemerlerle birbirine statik ve yükseklik sağlamak üzere bağlanmıştır.
Kiliseye ara sokak üzerinden biri kuzeyde, biri güneyde yer alan iki kapıdan girilir. Narteks kuzey-güney yönlü olup buradan üç ayrı kapıdan naos kısmına geçilir. Kilise mimarisinin bir özelliği olarak naos odası kuzey, orta ve güney olmak üzere bazilikal planlı üç nef’e ayrılmıştır. Kuzey ve Güney nefler bitkisel ve geometrik tarzda yapılmış mozaik döşemeye sahiptir. Mozaikler üzerinde haç içinde iki adet dini görevlinin adı yer alır (protodiakon Polykarpos ve diakon Alexander). Orta nef ve pastoforion tabanları ise opus sectile döşemeye sahiptir. Ayrıca ayakları birbirine bağlayan kemerlerin iç kısımları da mozaik süslemelidir. Diğer taraftan kilise duvarları panolar halinde mermer kaplama ve fresklerle süslenmiştir.
Yapının en önemli mekanlarından birisini oluşturan opus sectile döşemeli vaftizhane odası içerisinde Hıristiyanlık tarihinin en eski ve sağlam kalabilmiş olan haç planlı mermer kaplamalı vaftiz havuzlarından birisi yer almaktadır. Bu bölüme narteks kısmının kuzeyinden başlayan bir koridor ile ulaşılmaktadır. Kilise M.S 494 yılı depreminde büyük hasar görerek tamir edilmiş ve İmparator Focas (M.S 602-610) Dönemi depreminde ise tamamen yıkılmıştır. Laodikeia, Hıristiyanlık alemi için çok önemlidir. Çünkü kent M.S 4. yüzyıldan itibaren Hac Merkezi olma özelliğine sahip olmuştur. Bu nedenle İncil’de adı geçen ve Laodikeia Kilisesi adına mektup gönderilen bir kentte böyle bir kilisenin ortaya çıkarılması, bu kutsallığı bir kat daha arttırmaktadır. Kilise, Büyük Constantinus zamanında (M.S 306-337), Hıristiyanlığın M.S 313 yılında serbest bırakılmasıyla birlikte yapılmıştır. Üst koruma çatısı yapılan kiliseyi, ziyaretçiler cam gezi bantları üstünde dolaşabilmektedirler.