M.S 7. Yüzyıla tarihlenen şehir merkezindeki direkli kilise üç nefli olup, nefler arasındaki geçitleri büyük ve küçük direkler ayırmaktadır. Ortadaki büyük nefin sonunda bir apsis yer alır. Olasılıkla yapı tonoz örütülüdür. Diakonon ve protasis (vaftiz ve ayin bölümü), kilisenin merkez sahanlığının sonundaki tek apsisin iki tarafında yer almaktadır. Üç nefli diğer bir kilise de yine şehrin merkezinde yer almaktadır.
Hierapolis’in kuzey tarafında daha küçük tek apsisli kiliseler yer alır. Bunlar daha çok geç dönem yapılarıdır. Bu da geç dönemlerde dahi, kentin kimliğini devam ettirdiğinin göstergesidir. M.S 5-7. yüzyıllarda Hierapolis’te birçok önemli kilise yapılarının yapılması, kentin hem dinsel yönden önemli, hem de Bizans döneminde büyük bir merkez olduğunu göstermektedir. M.S 5-6. yüzyıllarda tarihlenen Akköy aile mezarının altın buluntuları da bu önemi ve zenginliği desteklemektedir. Hierapolis’in ilk dinsel temsilcisi St. Phillippus’tur.